南京农业大学是一所以农业和生命科学为优势和特色，农、理、经、管、工、文、法多学科协调发展的教育部直属全国重点大学，是国家“211工程”重点建设大学、“985优势学科创新平台”和“双一流”一流学科建设高校。

学校的作物学、农业资源与环境2个学科（群）入选国家“双一流”建设学科。植物保护、园艺学、畜牧学、兽医学、农林经济管理、公共管理、食品科学与工程、农业工程等8个学科进入江苏高校优势学科建设工程；科学技术史、生态学、畜牧学、草学、公共管理、化学、机械工程等7个学科进入“十三五”江苏省重点学科（含培育）建设行列。在全国第四轮学科评估中，7个学科获评A类学科，其中，作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理等4个学科为A+，公共管理学科为A，食品科学与工程、园艺学等2个学科为A-。农业科学、植物与动物科学、环境生态学、生物与生物化学、工程学、微生物学、分子生物与遗传学、化学等8个学科领域进入ESI学科排名全球前1%，其中农业科学、植物与动物科学等2个学科已经进入前1‰，学校设有63个本科专业、30个硕士授权一级学科、15种专业学位授予权、17个博士授权一级学科和15个博士后流动站。